La historia de la clasificación de los protozoos comienza en el siglo XIX, cuando el zoólogo Georg August Goldfuss acuñó el término 'protozoos' en 1818. Esta palabra proviene del griego, donde 'proto' significa 'primero' y 'zoon' se traduce como 'animal'. Goldfuss consideraba a los protozoos como los animales más simples, formando un grupo que incluía no solo microorganismos unicelulares, sino también ciertos animales multicelulares considerados "inferiores".

Durante gran parte del siglo XX, los protozoos se clasificaron como animales unicelulares dentro del reino Animalia. A medida que avanzaba la investigación científica, se reconoció que la clasificación iba más allá de simples nociones categóricas. En la década de 1970, surgió la necesidad de que todos los grupos tributarios fueran monofiléticos, es decir, que derivaran de un ancestro común. Esto llevó a replantear las relaciones evolutivas de los protozoos y su posición en la taxonomía moderna.

Anton van Leeuwenhoek desempeñó un papel fundamental en el estudio de los protozoos, siendo el primero en observarlos con microscopios que él mismo fabricó. Entre 1674 y 1716, documentó tanto protozoos libres como especies parásitas, revelando la complejidad de estos organismos. Su trabajo sentó las bases para la microbiología y la comprensión de los protozoos como seres vivos.

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